Ο Σταύρος Μουζακίτης αποφοίτησε από τη Σχολή Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του Ε.Μ.Π. το Νοέμβριο του 2009.
Από το 2010 δραστηριοποιείται ως ελεύθερος επαγγελματίας σε αρχιτεκτονικό γραφείο με έδρα την Πάτρα. Παράλληλα με την εκπόνηση ιδιωτικών αρχιτεκτονικών μελετών, έχει λάβει μέρος σε πλήθος αρχιτεκτονικών διαγωνισμών, ως επικεφαλής ομάδας μελέτης, έχοντας αποσπάσει ένα βραβείο και δύο επαίνους.
Από το 2010 ως το 2014 εργάστηκε ως ερευνητής σε δύο διετή ερευνητικά προγράμματα πολεοδομικής ανάλυσης και αστικού σχεδιασμού, με αντικείμενο τα μητροπολιτικά κέντρα της Αθήνας και του Πειραιά, τα οποία εκπόνησε το Ε.Μ.Π. για λογαριασμό του ΥΠ.Ε.Κ.Α. και της Περιφέρειας Αττικής.
Τον Ιούλιο του 2015 διεκπεραίωσε το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών του Ε.Μ.Π. «Σχεδιασμός-Χώρος-Πολιτισμός», έπειτα από παρουσίαση διπλωματικής εργασίας με τίτλο «Τοπία Παιγνίων: από μια μέθοδο Συγκριτικής Παιγνιολογίας προς μια στρατηγική Οικοσοφικής Παιγνιοποίησης».
Την ερευνητική αυτή θεματική επέκτεινε σε επίπεδο Διδακτορικής Διατριβής, την οποία υποστήριξε τον Σεπτέμβριο του 2023 στην Σχολή Αρχιτεκτόνων του Ε.Μ.Π., υπό τον τίτλο «Οικοτοπία του Παιχνιδιού: Ιστορία, Θεωρία και Αρχιτεκτονική των Παιχνιδιών, προς μια Πολιτική Οικοσοφία».
Παράλληλα, έχει συμμετάσχει σε σειρά επιστημονικών σεμιναρίων, εργαστηρίων, συνεδρίων και εκθέσεων στην Ελλάδα και το εξωτερικό, ενώ έχει παράσχει επικουρικό όσο και αυτοδύναμο διδακτικό έργο στις Σχολές Αρχιτεκτόνων Μηχανικών του ΕΜΠ και του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.