Οι μεταπτυχιακές σπουδές του προγράμματος έχουν ως σκοπό τη συνολική ανάπτυξη της έρευνας στο ευρύ και ενιαίο αντικείμενο της αρχιτεκτονικής θεωρίας και πρακτικής. Όλα τα μαθήματα του προγράμματος, διατηρώντας την εκπαιδευτική αυτονομία τους, αναπτύσσονται σε αυτό το κοινό πλαίσιο, συμβάλλοντας στον εμπλουτισμό των εννοιολογικών εργαλείων για την πολλαπλή ανάλυση του αντικειμένου της αρχιτεκτονικής και τη συστηματική νοηματοδότηση του αρχιτεκτονικού σχεδιασμού. Τα μαθήματα του προγράμματος, υποχρεωτικά και κατ’ επιλογή, οργανώνονται με στόχο τη συστηματική προσέγγιση των δύο κατευθύνσεων:  Α. «Γνωσιολογία της Αρχιτεκτονικής» και Β. «Προωθημένα Ζητήματα Αρχιτεκτονικού Σχεδιασμού» παρέχοντας ταυτόχρονα ένα ευρύ φάσμα ειδικών γνώσεων. Μετά την πολυετή λειτουργία του προγράμματος και τις σταδιακές συγκλίσεις των διδασκόντων, αυτό που χαρακτηρίζει το κάθε κατ’ επιλογή μάθημα είναι ότι αφενός παρέχει εννοιολογικά εργαλεία για τη σύνταξη της αρχιτεκτονικής και αφετέρου, ανάλογα με το συγκεκριμένο παράδειγμα στο οποίο αναφέρεται, παρέχει λογικές για τον αρχιτεκτονικό σχεδιασμό. Κατ’ αυτόν τον τρόπο, όλα τα μαθήματα συμβάλλουν ‘στον εμπλουτισμό των εννοιολογικών εργαλείων για την πολλαπλή ανάλυση του αντικειμένου της αρχιτεκτονικής’, μέσα από εξειδικευμένες αναφορές σε συγκεκριμένα παραδείγματα. Και η ουσιαστική διαφορά μεταξύ των δύο κατευθύνσεων συνίσταται στο ότι

• στην κατεύθυνση Α. «Γνωσιολογία της Αρχιτεκτονικής» τα συγκεκριμένα παραδείγματα προέρχονται από την Ιστορία, Θεωρία της Αρχιτεκτονικής και την Περιγραφή των αποτελεσμάτων του Αρχιτεκτονικού Σχεδιασμού, ενώ
• στην κατεύθυνση Β. «Προωθημένα Ζητήματα Αρχιτεκτονικού Σχεδιασμού» τα συγκεκριμένα παραδείγματα προέρχονται από Πειραματικές Διαδικασίες Σχεδιασμού που εκπονούν οι σπουδαστές κατά τη διάρκεια των μαθημάτων.

Ο χαρακτήρας αυτός των μαθημάτων έχει αποδειχθεί ιδιαίτερα πρόσφορος για την ανάπτυξη και υποστήριξη των ερευνητικών υποθέσεων του/της κάθε σπουδαστή/-τριας ανάλογα με το προσωπικό του/της πρόγραμμα επιλογής μαθημάτων. Η περαιτέρω οργάνωση των μαθημάτων σε ενότητες στοχεύει να βοηθήσει τους/τις σπουδαστές/-τριες σε κατάλληλες επιλογές μαθημάτων ως προς τις προσωπικές τους υποθέσεις έρευνας, και ταυτόχρονα να τους επιτρέπει να συνειδητοποιούν τη θέση τους στο ευρύτερο πλαίσιο της αρχιτεκτονικής έρευνας.